Обговорення на форумі

Касум Ахмедли: модель перехода от гермафродитизма к раздельнополости

После публикации колонки о переходе от гермафродитизма к раздельнополости я (D.Sh.) получил письмо от Касума Ахмедли, ведущего научного сотрудника Национальной академии наук Азербайджана. Он прислал свою модель такого перехода и ее детальное описание. Я выкладываю здесь это письмо (с согласи...

Після публікації колонки про перехід від гермафродитизму до роздільностатевості я (D.Sh.) отримав листа від Касума Ахмедлі, провідного наукового співробітника Національної академії наук Азербайджану. Він надіслав свою модель такого переходу та її детальний опис. Я викладаю тут цей лист (за згодою його автора), сподіваючись, що це сприятиме кращому розумінню обговорюваного еволюційного переходу.

Шановний Дмитре!

Я вирішив промоделювати еволюцію статевого розмноження, як Ви описали в колонці "Перемога стійкості над оптимальністю, або Чому гермафродити програють самцям та самкам" від 24/01/14, засобами хімічної кінетики і зараз хочу поділитися з Вами результатами. Хоча в моїх моделях процеси протікають під керуванням закону дії мас, та й розмножувані форми вибрані гранично прості, тим не менш, мені здається, вони дозволяють у грубому наближенні судити про ефекти переходу від нестатевого розмноження гермафродитів до статевого. Не сумніваюся, у Вашому розпорядженні є інструменти точнішого математичного моделювання еволюційних механізмів, тож не судіть суворо, що скористався тим, що мав під рукою - програмою обрахунку кінетики хімічних реакцій Gepassi. Концепція егоїстичного гена в цьому підході полягає в тому, що в умовах обмеженого ресурсу харчового субстрату (SS) між колоніями, що споживають цей ресурс, виникає конкуренція, в якій виживає ген, що відтворюється швидше.

Спочатку опишу модель, а потім уже перейду до результатів.

Позначення

• SS і S - димерний субстрат (і його легко димеризований мономер), на якому реплікують та еволюціонують гени популяції. Кількість субстрату обмежена (інакше не може бути добору).

• HHxx - геном диплоїдного монозиготного гермафродита вихідної популяції.

• HMxx, HMxy, HFxx, MMxx, MMxy, FMxx, FMxy, FFxx - інші диплоїдні геноми (зиготи, реплікатори), що утворилися в результаті мутацій вихідного гермафродита та рекомбінацій статевого процесу.

• H, M, F - гени, що визначають статеву поведінку гермафродита, самця або самки (H підтримує як оогенез, так і сперматогенез, M - підтримує тільки сперматогенез, F - підтримує тільки оогенез). Ген H домінантний по відношенню до своїх мутантів M і F. Тому комбінації HMxx, HMxy, HFxx визначають гермафродитів, комбінації MMxy і FMxy - самців, а FMxx і FFxx - самок. Комбінація MMxx, незважаючи на відсутність y-хромосоми, також віднесена до самців, оскільки такі зразки в мейозі, за відсутності генів H або F, виробляють тільки сперматозоїди.

• Hxe, Mxe, і Fxe - гаплоїдні яйцеклітини (e - позначає egg).

• Hx, Mx, My і Fx - гаплоїдні сперматозоїди.

Одиниці вимірювання

• За одиницю кількості будь-якого зразка прийнято вихідну початкову кількість реплікаторів з геномом HHxx.

• За одиницю часу - середня тривалість життя вихідного реплікатора (особини) HHxx, яка зберігається такою ж і для мутантів.

Опис моделі

У табл.1 наведена схема, що описує еволюцію статевого розмноження у гермафродитів.

Таблиця 1. Схема процесів розмноження та еволюції

N

Процесс

k

Примечания

Мутации

1

HHxx → HMxx

Kmu

Самцовая мутация

2

HHxx → HFxx

Kmu

Самочная мутация

3

HMxx → MMxy

Kmu

Возникновение самца

4

HMxx → FMxx

Kmu

Возникновение самки

Митоз

5

SS + HHxx → 2*HHxx

Kmi

6

SS + HMxx → 2*HMxx

Kmi

7

SS + HMxy → 2*HMxy

Kmi

8

SS + HFxx → 2*HFxx

Kmi

9

SS + MMxx → 2*MMxx

Kmi

10

SS + MMxy → 2*MMxy

Kmi

11

SS + FMxx → 2*FMxx

Kmi

12

SS + FMxy → 2*FMxy

Kmi

13

SS + FFxx → 2*FFxx

Kmi

Мейоз

14

HHxx → 2*Hxe

Kh

Оогенез

15

HHxx → 2*Hx

Kh

Сперматогенез

16

HMxx → Hxe+ Mxe

Kh

О

17

HMxx → Hx+ Mx

Kh

С

18

HMxy → Hx + My

Kh

С

19

HFxx → Hxe + Fxe

Kh

О

20

HFxx → Hx + Fx

Kh

С

21

MMxx → 2*Mx

Kh

С

22

MMxy → Mx + My

Ks*Kh

С

23

FMxx → Mxe + Fxe

Ke*Kh

О

24

FMxy → Fx + My

Ks*Kh

С

25

FFxx → 2*Fxe

Ke*Kh

О

Оплодотворение

26

Hxe + Hx → HHxx

Kf

27

Hxe + Mx → HMxx

Kf

28

Mxe + Hx → HMxx

Kf

29

Hxe + My → HMxy

Kf

30

Hxe + Fx → HFxx

Kf

31

Fxe + Hx → HFxx

Kf

32

Mxe + Mx → MMxx

Kf

33

Mxe + My → MMxy

Kf

34

Mxe + Fx → FMxx

Kf

35

Fxe + Mx → FMxx

Kf

36

Fxe + My → FMxy

Kf

37

Fxe + Fx → FFxx

Kf

Смерть

38

HHxx → SS

Kd

Разрушение зигот 

39

HMxx → SS

Kd

40

HMxy → SS

Kd

41

HFxx → SS

Kd

42

MMxx → SS

Kd

43

MMxy → SS

Kd

44

FMxx → SS

Kd

45

FMxy → SS

Kd

46

FFxx → SS

Kd

47

Hxe → S

Kde

Разрушение ооцитов 

48

Hx → S

Kds

Разрушение сперматозоидов 

49

Mxe → S

Kde

50

Mx → S

Kds

51

My → S

Kds

52

Fxe → S

Kde

53

Fx → S

Kds

54

2*S → SS

Kss

Регенерация субстрата

Стовпець k→ - це константи швидкостей процесів. Значення констант швидкостей наведено в табл.2, а початкові умови – в табл. 3.

Таблиця 2. Константи швидкостей

Константи швидкості

Примечания

Kmu

1.00E-04

К.С. мутации

Kmi

0.1

К.С. митоза

Kh

1

К.С. мейоза у гермафродитов

Ks

1

Ускорение сперматогенеза M

Ke

1

Ускорение оогенеза F

Kf

1.00E+04

К.С. оплодотворения

Kd

1

К.С. разрушения репликаторов

Kde

0.05

К.С. разрушения ооцитов

Kds

0.05

К.С. разрушения сперматозоидов

Kss

100

К.С. регенерации субстрата

Таблиця 3. Початкові умови

Початкові умови

SS0

10

HHxx0

1

Усі інші 0

0

Той факт, що одиницею часу обрано середню тривалість життя реплікаторів, відображається в тому, що в процесах 36-43 константа швидкості руйнування для них усіх встановлена Kd=1. Початкове значення чисельності гермафродитів

(.jpg
HHxx
).jpg
0 = 1 зовсім не означає, що є лише 1 екземпляр гермафродита. Це означає, що, якою б не була початкова чисельність, тисяча чи мільйон, ця чисельність прийнята за одиницю. Це звільняє нас від залежності від конкретної чисельності та робить числа, з якими ми маємо справу, зручнішими для сприйняття. Кількість харчового ресурсу обмежена, тобто в міру споживання (росту та розмноження реплікаторів) вона зменшується, а при загибелі зигот та гамет – відновлюється, забезпечуючи кругообіг субстрату. Початкова кількість субстрату
(.jpg
SS
рис.1 наведені графіки розвитку рівноваги в цьому випадку.
0 обрано рівним 10, і оскільки чисельність початкової популяції прийнята за 1, то сумарна чисельність усіх популяцій ніколи не може перевищити 11 одиниць. Початкова чисельність популяції HHxx, що дорівнює 1, як це видно з констант, є стаціонарною чисельністю за відсутності мутацій та інших реплікаторів, окрім HHxx. Перед запуском моделі інші реплікатори в системі відсутні. Значення  Kmu=10-4 означає, що мутації відбуваються із середньою частотою 1 мутація за 10000 поколінь. Значення константи швидкості мітозу Kmi обрано таким, щоб при обраному початковому вмісті їжі відбувався в середньому 1 поділ HHxx за одиницю часу (що дорівнює середній тривалості життя).  Інші константи швидкості підібрані так, щоб підтримувати стаціонарні кількості гамет на рівні 10-15% від кількості зигот. Ks та Ke – не константи швидкості, а коефіцієнти збільшення констант швидкостей сперматогенезу та оогенезу в M- та F-мутантів відповідно, порівняно з вихідним гермафродитом, як зазначено для процесів 22-25. Зазначене в таблиці значення 1 для цих коефіцієнтів означає, що прискорення немає, але за бажання можна ввести. 

При заплідненні в кожному акті беруть участь 1 яйцеклітина та 1 сперматозоїд.

Поки геном містить домінантний ген H, реплікатор (HHxx, HMxx, HFxx) у мейозі здатний як до оогенезу, так і до сперматогенезу і є гермафродитом. Мутація (1) призводить до виникнення гена M, під керуванням якого (а значить за відсутності в геномі генів H або F) втрачається здатність до оогенезу. Аналогічно, мутація (2) призводить до виникнення гена F, під керуванням якого (за відсутності в геномі генів H або M) втрачається здатність до сперматогенезу.

 

Обговорення результатів моделювання

Модель 1

Як 1-у модель розглянуто найпростіший випадок, коли жодних мутацій немає (Kmu=0), і єдиним реплікатором у системі є вихідний гермафродит HHxx. На рис.1 наведені графіки розвитку рівноваги в цьому випадку.

Рис. 1. Розвиток стаціонарного стану в популяції гомозиготного гермафродита. H – сумарний вміст гена H у системі. Herm – кількість зигот HHxx.

Рис. 1. Розвиток стаціонарного стану в популяції гомозиготного гермафродита.

H – сумарний вміст гена H у системі. Herm – кількість зигот HHxx.

рис.1 наведені графіки розвитку рівноваги в цьому випадку. Рис. 1. Розвиток стаціонарного стану в популяції гомозиготного гермафродита. H – сумарний вміст гена H у системі. Herm – кількість зигот HHxx.
Hxe
рис.1 наведені графіки розвитку рівноваги в цьому випадку. Рис. 1. Розвиток стаціонарного стану в популяції гомозиготного гермафродита. H – сумарний вміст гена H у системі. Herm – кількість зигот HHxx. Hxe
і
рис.1 наведені графіки розвитку рівноваги в цьому випадку. Рис. 1. Розвиток стаціонарного стану в популяції гомозиготного гермафродита. H – сумарний вміст гена H у системі. Herm – кількість зигот HHxx. Hxe і
Hx
рис.1 наведені графіки розвитку рівноваги в цьому випадку. Рис. 1. Розвиток стаціонарного стану в популяції гомозиготного гермафродита. H – сумарний вміст гена H у системі. Herm – кількість зигот HHxx. Hxe і Hx
– кількість гамет обох видів (яйцеклітин і сперматозоїдів) у системі.
Рис. 1. Розвиток стаціонарного стану в популяції гомозиготного гермафродита. H – сумарний вміст гена H у системі. Herm – кількість зигот HHxx. Hxe і Hx – кількість гамет обох видів (яйцеклітин і сперматозоїдів) у системі.
S
рис. 2.
– кількість вільного мономера субстрату.

Як видно і, як і слід було очікувати, рівновага (точніше, стаціонарний стан) досягається за кілька поколінь. Кількість зигот знижується на пару %, унаслідок досягнення гаметами стаціонарної кількості по 1.4% відносно зигот кожна. Кількість субстрату SS (не показано) практично не змінюється (близько 10).

Модель 2

Розглянемо тепер що відбувається, коли обидві мутації (M і F) вмикаються. Коефіцієнти Ks та Ke приймемо рівними 1, тобто сперматогенез у М-самців та оогенез у F-самок ідуть з тими ж швидкостями, що і у вихідного гермафродита. Ми повинні очікувати, що оскільки в цій ситуації в самок відбувається втрата 50% фертильності, гермафродити повинні витіснити мутантів, що з'являються. Однак, проти цих очікувань, відбувається те, що зображено на рис. 2.

Рис. 2. Еволюція статі при «самцевій» та «самочній» мутаціях у популяції гермафродитів. H, M і F – сумарні кількості відповідних генів у системі (з урахуванням їх наявності в усіх видах зигот та гамет). Herm – сумарна кількість гермафродитів: HHx

Рис. 2. Еволюція статі при «самцевій» та «самочній» мутаціях у популяції гермафродитів.

H, M і F – сумарні кількості відповідних генів у системі (з урахуванням їх наявності в усіх видах зигот та гамет). Herm – сумарна кількість гермафродитів: HHxx, HMxx і HFxx. Male – сумарна кількість самців: HMxy, MMxx, MMxy і FMxy. Fem – сумарна кількість самок: FMxx і FFxx.

Як видно з рисунка, через кілька десятків тисяч поколінь кількість гермафродитів, разом із загальним вмістом вихідного гена H, падає до нуля, і утворюється популяція, що складається виключно із самців та самок, з половинною чисельністю кожна, порівняно з вихідною чисельністю гермафродитів.

Додам (не нагромаджуючи рисунків), що варіації Ks у той чи інший бік між значеннями 0.5 і 1.5 не призводить до якісної зміни картини, дещо змінюючи лише співвідношення статей.

Модель 3

Розглянемо тепер, що відбувається, якщо відбувається тільки самцева M-мутація або тільки самоча F-мутація. Спочатку залишимо самцеву мутацію та відключимо самочу (виключимо процеси 2 і 4). Ks так само =1.

Рис. 3. Динаміка виникнення самцевої мутації в популяції гомозиготних гермафродитів. Позначення – як раніше. Ось тут з'ясовується, що якщо виникає тільки самцева мутація, і за нею не йде самоча мутація, то мутація поширюється, як хвороба, і через

Рис. 3. Динаміка виникнення самцевої мутації в популяції гомозиготних гермафродитів. Позначення – як раніше.

Ось тут з'ясовується, що якщо виникає тільки самцева мутація, і за нею не йде самоча мутація, то мутація поширюється, як хвороба, і через кілька тисяч поколінь уся популяція вимирає. Збільшення Ks також не допомагає стабілізувати популяцію.

Модель 4

Схожа ситуація виникає і в тому випадку, коли має місце тільки «самоча» мутація. Повернемо на місце процес 2 та виключимо процеси 1 і 3.

Рис. 4. Динаміка виникнення самочої мутації в популяції гомозиготних гермафродитів. Позначення – як раніше. Як видно з рисунка, самоча мутація за відсутності самцевої також призводить до повного вимирання популяції, хоча й дещо повільніше. Збільш

Рис. 4. Динаміка виникнення самочої мутації в популяції гомозиготних гермафродитів. Позначення – як раніше.

Як видно з рисунка, самоча мутація за відсутності самцевої також призводить до повного вимирання популяції, хоча й дещо повільніше. Збільшення Ke до 1.5 у цьому випадку (див. рис. 5) призводить до того, що популяція гермафродитів не вимирає, але різко скорочується (до 0.7) і залишається дуже невелика стаціонарна кількість самок - 0.005. Вміст генів H і F стабілізується на рівні 1.6 (вихідний вміст становив 2.0) і 0.14, відповідно.

Рис. 5. Умови ті самі, що на рис. 4, з тією відмінністю, що Ke=1.5. Висновки Проти інтуїтивного очікування, якщо в популяції гермафродитів відбуваються самцева та самоча мутації синхронно або з не дуже великим запізненням будь-якої з них після ін

Рис. 5. Умови ті самі, що на рис. 4, з тією відмінністю, що Ke=1.5.

Висновки

Проти інтуїтивного очікування, якщо в популяції гермафродитів відбуваються самцева та самоча мутації синхронно або з не дуже великим запізненням будь-якої з них після іншої, то, незважаючи на втрату 50% плодючості в самок та самців, популяція гермафродитів з часом перетворюється на роздільностатеву популяцію. Однак, якщо відбувається тільки одна з цих мутацій, а інша так і не настає, це справляє згубний вплив на всю популяцію та знижує її чисельність (не будемо говорити, що вона гине, оскільки модель груба, а життя – чіпка штука).