Rasnytsyn, 2008. Теоретичні основи еволюційної біології - 02

1.1. ПРОЦЕС ЕВОЛЮЦІЇ
1.1.1. СИНТЕТИЧНА ТЕОРІЯ ЕВОЛЮЦІЇ

1.1.2. ЕПІГЕНЕТИЧНА ТЕОРІЯ ЕВОЛЮЦІЇ
1.1.2.1. Основні положення
1.1.2.2. Адаптивний компроміс
1.1.2.3. Проблеми

А.П.Расніцин. Теоретичні основи еволюційної біології // В.В.Жеріхін, А.Г.Пономаренко, А.П.Расніцин. Введення в палеоентомологію. М.: КМК. 2008. 371 с
1.2. МЕТОДОЛОГІЯ ФІЛОГЕНЕТИКИ, ТАКСОНОМІЇ ТА НОМЕНКЛАТУРИ
1.2.1. ФІЛОГЕНЕТИКА 
1.2.1.1. Аналіз груп
1.2.1.2. Аналіз ознак 
1.2.1.2.1. Аналіз різниць
1.2.1.2.2. Аналіз схожості
1.2.1.3. Комп’ютерний кладизм​

1.2.2. ТАКСОНОМІЯ
1.2.2.1. Кладизм
1.2.2.2. Фенетика
1.2.2.3. Філетика

1.2. МЕТОДОЛОГІЯ ФІЛОГЕНЕТИКИ, ТАКСОНОМІЇ ТА НОМЕНКЛАТУРИ
Те, про що йшлося вище — «як це (наприклад, еволюція) відбувається насправді» — у філософії називається онтологією. Тепер поговоримо про методологію — про те, як це (родинні відносини та систему організмів і систему їх назв) слід вивчати.
У своїй звичайній роботі вчений не фіксує увагу на її методологічних основах. Однак коли звичні стандарти і методи починають давати збої або просто перестають нас задовольняти, виникає спокуса влаштувати щось на кшталт наукової революції (Kuhn, 1970): відкинути звичні методи і стандарти разом з методологією, на якій вони базуються, і замінити чимось іншим. Революції, навіть наукові, рідко проходять безкровно, у тому сенсі, що вони відкидають підходи, ще цілком працездатні, хоча й у дещо іншому контексті, і результати значущі, але що потребують переосмислення. Тому доцільніше заново проаналізувати методологічні основи наукової діяльності в надії виявити і виправити слабкі місця і тим зберегти як сам підхід, так і основну частину отриманих за його допомогою результатів.
Сучасна революція в теорії систематики (таксономії) і тісно пов’язаної з нею філогенетики триває вже півстоліття і, на мій погляд, породжена прагненням до формалізації, автоматизації і стандартизації наукового процесу, до посилення його об’єктивності та відтворюваності результату. І, відповідно, до зниження ролі індивідуальності дослідника, особливо його інтуїції.
Ця революція пов’язана з комп’ютеризацією нашого життя (не лише науки), і розпочалася вона, звичайно, на Заході. Комп’ютеризація вимагає формалізованих, математизованих методів, вільних від інтуїції або хоча б здаються вільними. У систематиці першою її фавориткою стала фенетика, потім усіма охопила кладистика, адже давні праці Віллі Геннига нарешті були відкриті американцями і перекладені англійською. Кладистика і по сьогодні в основному відповідає західному, перш за все американському світосприйманню, хоча і там вже виникають питання і скепсис. Але і у нас кладизм починає перетворюватися з моди в образ мислення, і все ж порівняльний аналіз кладистичних і не кладистичних методологій зустрічає тут менший опір.
Перш ніж перейти безпосередньо до філогенетики, таксономії та номенклатури, я хотів би обговорити деякі більш загальні методологічні проблеми і, зокрема, саму методологію пізнання.
Почнемо з цілей пізнання. Віддавна розрізняли два основних підходи, дедуктивний і індуктивний, до яких порівняно нещодавно (менше століття тому) додався ще один, гіпотетично‑дедуктивний метод, пов’язаний з іменем Карла Поппера. Сильно спрощуючи, можна сказати, що при дедуктивному підході вчений виходить з якоїсь системи постулатів, які він приймає як істинні, і суворо логічним шляхом виводить з них наслідки, які з цієї причини приймаються так само істинними. При індуктивному підході вчений робить висновки не з постулатів, а з спостережень («фактів»), і будучи впевненим у істинності цих фактів, також вважає свої висновки істинними, тобто описовими реальне положення справи (те, що є «насправді»). Це розрізнення, проте, не здається мені принциповим, оскільки постулати не беруться «з потолка», а формулюються, хоч і з загальних міркувань, так, щоб результати їх застосування були сумісні з досвідом, з реальністю. Тобто дедукція теж орієнтована на спостереження і, відповідно, в певній мірі спирається на індукцію. З іншого боку, при індукції результати спостережень узагальнюються у вигляді умозаключень про природу речей, які в подальших роздумах вже використовуються як постулати. Саме ця схожість дозволяє використовувати дедуктивний і індуктивний методи як єдиний підхід, що ставить за мету пізнання пізнання істини.
Навпаки, для гіпотетично‑дедуктивного методу будь‑які висновки, зроблені без різниці з чого — з спостережень, з постулатів чи з будь‑яких інших узагальнень, залишаються гіпотезами, тобто умозаключеннями, що вимагають обов’язкової перевірки. Гіпотезу в принципі неможливо верифікувати, тобто назавжди довести її справедливість (істинність). Як ми побачимо, її не можна і спростувати назавжди, можна лише прийняти рішення про її адекватність або неадекватність наявним даним, тобто про можливість або небажаність опори на неї у подальшій пізнавальній чи іншій діяльності. Таким чином, гіпотетично‑дедуктивний метод, нині визнаний найбільш відповідним реальному процесу пізнання, ставить за мету не пізнання істини, а наближення до неї за допомогою ефективних методів пізнання.
Отже, кожен крок пізнання включає, на мій погляд, шість послідовних етапів (табл. 1). Спираючись на попередній досвід і знання, ми ставимо задачу і плануємо збір матеріалу. Потім проводимо спостереження і/або ставимо експеримент і аналізуємо результати, намагаючись знайти знайомі елементи в незнайомій (ще не зрозумілій) видимій картині. Спираючись на загальний досвід і результати попереднього знайомства з подібними об’єктами, ми виділяємо серед знайомих елементів більш важливі для цілей нашої роботи, тобто ті, що можуть допомогти нам виявити важливі риси поки не зрозумілої картини. У свою чергу, важливими ми вважаємо риси, які, як ми припускаємо, сильно впливають або інакше тісно корелюють зі структурою нашої картини і тим самим дозволяють її зрозуміти і передбачити її поведінку в різних обставинах. Наприклад, коли систематик виявляє зовсім нову групу комах і починає їх класифікувати (створювати внутрішню систему групи), то, знаючи про існування і можливі різниці статей і стадій онтогенезу, він виключить ознаки, що розрізняють самців і самок, дорослих і личинок тощо, з числа таксономічно важливих ознак, якими б не були ці різниці самі по собі. Подібним чином ми зазвичай надаємо перевагу структурним ознакам перед ознаками забарвлення.
Таблиця 1. Кроки пізнання

1
 постановка задачі та планування збору даних

2
 спостереження та експеримент

3
 пошук аналогій: знайомих елементів у новій для нас картині та виділення більш важливих з них — тих, що можуть відображати глибинну структуру системи

4
 створення гіпотез про закономірності та механізми, що лежать в основі видимої картини

5
 спроба фальсифікації цих гіпотез: виведення наслідків з них і їх порівняння з результатами спостережень і експериментів, як попередніх, так і нових, проведених спеціально для перевірки гіпотез

6
оцінка результату за допомогою презумпцій: якщо знайдено фальсифікуючі докази, потрібно вирішити, чи достатньо вони надійні та переконливі, щоб відмовитися від гіпотези